Вы не поняли аналогии. Бог не часть Универсума, как лаборант не часть лаборатории. Он в ней работает. А живет вне ее.
Вернемся к другой аналогии - "Миру произведений Льва Толстого".
Писатель Толстой живет в нашем мире и подчиняется его законам.
Персонажи Толстого живут в созданном им "мире" и подчиняются его законам, созданным "по образу и подобию" но не тождественным нашим, а где-то и находящимся с ними в противоречии.