А. Мень был назначен настоятелем храма Сретения Господня. В первую очередь он начал строительство здания, в котором должны были разместиться крестильня и зал для разных приходских дел. Здесь за неделю до своей смерти А. Мень открыл для детей воскресную школу.
Жизнь талантливого проповедника оборвалась 9 сентября 1990 года. Как обычно в воскресенье отец Александр направлялся из дома к станции Семхоз, чтобы на поезде доехать до Пушкино. Неизвестный мужчина напал на него сзади и ударил топором по затылку. А. Мень, истекая кровью, смог добраться до калитки своего дома. Там его нашла жена Наталья, которая сразу вызвала скорую помощь и милицию, но врачи не смогли ничего сделать. Отец Александр был похоронен рядом с храмом в Новой деревне. Позже на месте его гибели в Семхозе был построен храм в честь преподобного Сергия Радонежского.
Смерть отца Александра стала большой утратой для православной церкви и общества в целом. Советские газеты не обошли вниманием это печальное событие и даже ранее преследовавшие проповедника политики выразили своё сожаление