По возвращении дяди из Палестины, святитель Николай сам собрался туда же. В пути на корабле он проявил дар глубокого прозрения и чудотворения: предвозвестил наступающую жестокую бурю и силой своей молитвы усмирил ее. Вскоре здесь же на корабле он совершил великое чудо, воскресив юношу матроса, который упал с мачты на палубу и разбился насмерть. В пути корабль часто приставал к берегу. Святитель Николай везде приложил заботы к врачеванию недугов мест-ных жителей: одних исцелил от неизлечимых болезней, из других изгнал мучивших их злых духов, иным, наконец, подал утешение в скорбях.
По прибытии в Палестину, святитель Николай поселился неподалеку от Иерусалима в селении Бейт-Жала (библейская Ефраффа), которое находится на пути в Вифлеем. Все жители этого благословенного села — православные; там находятся две православные церкви, из которых одна, во имя святителя Николая, построена на том месте, где некогда проживал святитель в пещере, служащей теперь местом поклонения.
Есть предание, что во время посещения святых мест Палестины, святитель Николаи пожелал однажды ночью помолиться в храме; подошел к дверям, закрытым на замок, и двери Чудесной Силой сами открылись, чтобы Избранник Божий мог войти в храм и исполнить благочестивое желание своей души.