3. После кончины князя обитель претерпевала разорение и разграбление, но продолжала существовать. Со времени учреждения Патриаршества в России в 1588 г. Боголюбский монастырь подлежал ведомству патриархов и назывался Рождества Пресвятой Богородицы Патриаршим домовым монастырем.Обитель стояла возле оживленной дороги, ведущей в Нижний Новгород и Казань, монастырь часто посещали цари, князья и другие именитые лица. В 1680 г. по пути во Флорищеву пустынь к наст. Илариону (впоследствии Суздальский митр.) в монастыре был царь Феодор Алексеевич, оставивший на украшение Боголюбской иконы Божией Матери свой драгоценный наперсный крест. В 1690 г. обитель посещал император Петр I (в царствование которого и был причислен к лику святых кн. Андрей Боголюбский). Здесь были также Павел I, Александр I, Александр II и многочисленные великие князья. А 13 мая 1913 г. Боголюбскую обитель почтила своим посещением семья последнего русского Императора Николая II.