Много трудов положил святитель на устроение благолепного Богослужения: составил чин Литургии, ввел антифонное пение за всенощным бдением, написал несколько молитв чина елеосвящения. Распущенность столичных нравов, особенно императорского двора, нашла в лице святителя нелицеприятного обличителя. Когда императрица Евдоксия распорядилась о конфискации последней собственности у вдовы и детей опального вельможи, святой встал на их защиту. Гордая императрица не уступила и затаила гнев на архипастыря.Суд, составленный из иерархов, справедливо обличаемых ранее Златоустом: Феофила Александрийского, Севериана, Гевальского епископа, незадолго перед тем изгнанного из столицы за беспорядки, и других - постановил низложить святого Иоанна и за оскорбление императрицы предать казни. Император заменил казнь изгнанием. У храма толпился возбужденный народ, решивший защищать своего пастыря. Святитель, чтобы избежать волнений, сам отдал себя в руки властей. Той же ночью в Константинополе произошло землетрясение. Дворец содрогнулся. Испуганная Евдоксия просила императора срочно вернуть святого и немедля послала письмо изгнанному пастырю, умоляя его вернуться. И вновь в столичном храме святитель в краткой речи благословляет Господа "за все пути Его". Клеветники бежали в Александрию. Но уже через два месяца новый донос пробуждает гнев Евдоксии. В марте 404 года состоялся неправедный Собор, постановивший изгнать святого Иоанна. По удалении его из столицы, пожар обратил в пепел храм Святой Софии и здание сената. Вскоре последовали опустошительные набеги варваров, а в октябре 404 года умерла Евдоксия. Даже язычники видели в этих событиях небесное наказание за неправедное осуждение угодника Божия.
Находясь в Армении, святитель еще более старался укрепить своих духовных чад. В многочисленных письмах (их сохранилось 245) епископам Азии, Африки, Европы и особенно своим друзьям в Константинополе святой Иоанн утешал страдающих, наставлял и поддерживал своих приверженцев. Зимой 406 года святитель Иоанн был болезнью прикован к постели. Но враги его не унимались. Из столицы пришел приказ перевести святого Иоанна в глухой Питиус (в Абхазии). Истощенный болезнями святитель в сопровождении конвоя три месяца в дождь и зной совершал свой последний переход. В Команах силы оставили его. У склепа святого Василиска (память 22 мая), утешенный явлением мученика ("Не унывай, брат Иоанн! Завтра мы будем вместе", причастившись Святых Тайн, вселенский святитель со словами "Слава Богу за всё!" отошел к Господу 14 сентября 407 года. Святые мощи Иоанна Златоуста торжественно были перенесены в Константинополь в 438 году.

Да пошлёт нам небо путь с луной и звездами!