В моем варианте звучит следующее: и когда Пилат, по научению начальствующих среди нас, осудил его на распятие, то любившие его сначала не отказались от него, ибо он явился к ним живым на третий день, согласно предсказаниям пророков.
Предлог "ибо" означает раскрытие причины почему "любившие... не отказались от него", а не утверждение факта воскресения самим Флавием. А причина такова, что пророки предсказали воскресение, а "любившие", т.е. ученики пронаблюдали его воочию. Но Флавий не ставит себя в один ряд с этими людьми - это отчетливо явствует из текста.

У любви нет прошедшего времени!