Однако Ряд православных священников выступил с критикой официальной позиции Церкви и православной общественности.
Сотрудник Патриаршего молодежного центра при Даниловом монастыре Игумен Петр(Мещеринов) призвал воспринимать «письмо академиков» как отражение негативных процессов, происходящих в Церкви — сращивании ее с государством, политизации, отходе от целенаправленной собственно-церковной работы. Критиков письма он обвинил в хамстве, создании негативного образа Церкви.
Диакон Андрей Кураев, в целом критикуя изложенные в письме тезисы, отмечает, что в письме «есть своя правда», оно может стать поводом для начала борьбы с мракобесием внутри РПЦ.

"...не храбрым-победа,...и не у разумных-богатство,...но время и случай для всех их."(Еккл.9:11)