Большую роль в штурме города сыграли штурмовые отряды. Они состояли из стрелковых рот, нескольких артиллерийских орудий калибром от 45 до 122 мм, одного или двух танков или самоходных орудий, взвода станковых пулеметов, минометного взвода, взвода саперов и отделения огнеметчиков.

Башня «Дона» (вид с тыла) - последний очаг немецкой обороны, ныне Музей янтаря на площади Василевского
Немцы оказывали упорное сопротивление, однако к исходу дня 39-я армия вклинилась в его оборону на несколько километров и перерезала железную дорогу Кенигсберг-Пиллау. 43-я, 50-я и 11-я гвардейская армии прорвали 1-й оборонительный обвод. Спустя два дня советские войсками захватили порт и железнодорожный узел города, промышленные объекты и отрезали гарнизон Кенигсберга от земландской группировки немцев.
8 апреля было предложено немцам сдаться. Они отказались и продолжили сопротивление. Некоторые части гарнизона попытались отступить на запад, но были перехвачены 43-й армией.