Наступление войск фронта началось 6 апреля. Для штурма укреплений были созданы 26 штурмовых отрядов и 104 штурмовые группы — как из состава стрелковых частей, так и из инженерных войск — десяти инженерно-саперных бригад, трех штурмовых инженерно-саперных бригад, двух моторизованных инженерных бригад и одной понтонной бригады.
Кроме того, в штурме участвовалиь химические войска — 7 отдельных огнеметных батальонов, рота фугасных огнеметов и 5 отдельных рот ранцевых огнеметов. Эти подразделения были распределены по штурмовым отрядам и штурмовым группам.
Штурм Кёнигсберга начался мощной артподготовкой, затем, в полдень, под прикрытием огневого вала в наступление пошли пехота, танки и самоходные орудия. Согласно плану, основные силы обходили форты, которые блокировались стрелковыми батальонами или ротами при поддержке самоходных орудий, подавлявших вражеский огонь, саперов, использовавших подрывные заряды, и огнеметчиков.