Igor,

Вообще-то природа - это и есть совокупность всех существующих материальных объектов. Выражение "природа создала" - чистейшей воды метафора, обозначающая т.н. природное происхождение, т.е. появление чего-либо вследствие действия физических законов.

Что касается атеизма, то религией он не является по причине того, что всякая религия есть вера в сверхъествественное, в то время, как атеизм характеризуется неверием в это самое сверхъестественное.