Церковь — это славянский перевод греческого слова «ecclesia», означающего «собрание» (отсюда слово Экклезиаст — «проповедующий в собрании»). Первоначально в христианстве обозначало евхаристическое собрание христиан, всех «собранных во имя Его», поместную христианскую общину верующих. По мере превращения христианства в религию со своими институтами это слово стало обозначать также религиозные структуры исторических христианских конфессий, а затем — и само церковное (храмовое) строение. Сегодня церквами называют обычно отдельные конфессии и их административные структуры.
Конфессия (лат. *признание, исповедание) — это вероисповедание, принадлежность к какой-либо религии, церкви, а также религиозное объединение, имеющее свое *вероучение, особенности богослужения и определенную организационную структуру. Слово получило распространение в период Реформации, когда многие протестантские общины формулировали собственные исповедания веры — «confessio», поскольку, в отличие от исторических церквей, не имели общего корпуса официально признанного священного предания. В настоящее время конфессий обычно называют определенное направление (группу направлений) в рамках той или иной религии (например, христианства).
Секта — это вероисповедная группа, которая возникает как оппозиция по отношению к ранее утвердившимся и, как правило, господствующим религиозным направлениям; обычно возникает в результате раскола (отсюла и название — от латинского слова, означающего «отрезать», «отсекать»). Для сект (особенно в начальный период их существования) характерны радикализм учения, проповедь собственной исключительности и единоспасающей силы собственного учения, настроения избранности, резкое противопоставление себя другим религиозным направлениям и внешнему миру. Секты обычно отличаются харизматическим или авторитарным типом лидерства, строгим подчинением дисциплине и принятым в организации нравственным и поведенческим нормам. Часто секты создают собственную субкультуру, отличающую ее носителей от остальных людей. В литературе термин «секта» часто без достаточных оснований применяется к другим типам религиозных объединений только на том основании, что они противопоставляют себя господствующей или наиболее массовой исторической церкви, хотя сами исторические церкви могут иметь значительное количество сектантских черт (например, уверенность в единоспасающей силе своей религиозной организации).
Деноминация — термин, употребляющийся в религиоведении для обозначения религиозных объединений, находящихся в стадии становления, организационного оформления, а иногда просто как синоним терминов «вероисповедание», «конфессия». Термин происходит от латинского слова, которое буквально можно перевести как «изменение имени», «выход из имени». Восходит также к эпохе реформации и конфессионализма, когда протестантизм дробился на различные группы и вероисповедания. В христианском контексте слово «деноминация» имеет скорее негативную коннотацию с элементом смысла «отдепление от единства веры».