В 1916 году епископ Трифон ушел на покой в Ново-Иерусалимский Воскресенский монастырь. После поездки на фронт он снова возвратился в 1917 году в Новый Иерусалим
С 1918 года епископ Трифон жил в Москве, не принимая участия в административных делах Церкви. К нему постоянно шел поток посетителей за советом и по духовным и по житейским вопросам. Верующий народ уже почитал его как великого архиерея, замечательного проповедника и духоносного старца-подвижника. Его советы и мнения нередко были решающими не только для судеб его многочисленных духовных детей, но и во многих событиях, связанных с судьбой Русской Православной Церкви после революции. Святой Патриарх Тихон любил владыку, часто служил вместе с ним, а в 1923 году возвел его в сан архиепископа. Они были двумя великими духовными столпами, которые поддерживали святую Русскую Церковь в жестокое и многоскорбное для России время.