Ещё одним путём попадали в Россию протестанты — как военнопленные. Особенно много пленных взял Иван Грозный в ходе Ливонской войны (1558–1583). Тех из них, кто владел каким-либо ремеслом, расселили по российским городам. Так образовались немецкие слободы в Москве, Владимире, Нижнем Новгороде, Пскове, Великом Новгороде, Твери, Костроме, Угличе. Часть пленных отдали в крепостные, многих отправили на жительство в покорённые области бывших Казанского и Астраханского ханств. При Петре I только после поражения шведов под Полтавой в русском плену оказалось около 15 тысяч шведских солдат и офицеров. Партиями по 100 человек они были отправлены в разные города Астраханской, Архангельской и Казанской губерний, 3 тысячи пленных направили на работы в Воронеж, ещё несколько партий — на освоение сибирских земель.