Борис Годунов также призвал в Россию множество немецких ремесленников и техников. Он оказывал особое покровительство протестантам, бежавшим в Россию из стран Западной Европы от религиозных войн и жестоких преследований. Среди них были лютеране и реформаты. В XVII в., во время Тридцатилетней войны (1618– 1648), разгоревшейся в Европе, в Россию переселилось немало беженцев из протестантов.
В царствование Михаила Фёдоровича Романова (1613–1645) немецкие протестантские общины существовали в Серпухове, Ярославле, Вологде и Холмогорах. В Москве проживало только немецких семей более тысячи. Есть данные, что при сыне Михаила Фёдоровича Алексее Михайловиче (отце Петра I ) в России насчитывалось до 18 тысяч лютеран и кальвинистов. В русской армии 38 полков пехоты и 25 рейтарских полков находились под командованием немецких военачальников. Во многом именно протестантам Россия обязана становлением своей армии.